課程結(jié)構(gòu)關(guān)系到研究生的知識(shí)結(jié)構(gòu)和科研技能。由于生物醫(yī)學(xué)工程在職研究生專業(yè)理工醫(yī)復(fù)合交叉的特點(diǎn)，課程設(shè)置也和其它學(xué)科有所區(qū)別。目前，我國生物醫(yī)學(xué)工程在職研究生博士學(xué)科點(diǎn)只有一級(jí)學(xué)科，卜而沒有設(shè)置二級(jí)學(xué)科，主要原因就是生物醫(yī)學(xué)工程在職研究生涉及到的學(xué)科領(lǐng)域太廣，它的研究方向和課題廣泛滲透于醫(yī)學(xué)、生物、電子、計(jì)算機(jī)、材料等學(xué)科。當(dāng)然，每個(gè)高校在生物醫(yī)學(xué)工程在職研究生領(lǐng)域的研究都很難做到大而全，而是根據(jù)自身的優(yōu)勢(shì)和特點(diǎn)，選擇其研究領(lǐng)域，并進(jìn)而決定其課程設(shè)置。

　　譬如清華大學(xué)生物醫(yī)學(xué)工程在職研究生專業(yè)的主要研究方向包括生物芯片、神經(jīng)工程、微納醫(yī)學(xué)等，尤其是以程京院士為主的生物芯片技術(shù)占主導(dǎo)地位，因此，該校生物醫(yī)學(xué)工程在職研究生的課程設(shè)置就以生物類為主，輔之以《生理系統(tǒng)仿真與建模》、《數(shù)字信號(hào)處理》、《隨機(jī)信號(hào)的統(tǒng)計(jì)處理》、《醫(yī)學(xué)成像系統(tǒng)》等課程。我校的生物醫(yī)學(xué)工程在職研究生專業(yè)目前主要側(cè)重于醫(yī)學(xué)成像與圖像處理、醫(yī)學(xué)儀器與生物傳感器等，因此，課程設(shè)置也以電子信息類課程為主，如《醫(yī)學(xué)成像原理》、《醫(yī)學(xué)圖像處理》、《神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)與模式識(shí)別》、《醫(yī)學(xué)儀器原理》等。

　　另外，由于大部分高校的生物醫(yī)學(xué)工程在職研究生研究生招生幾乎是而向所有的工程學(xué)科，因此，以前沒有學(xué)過醫(yī)學(xué)類課程的研究生，一般高校都會(huì)要求學(xué)生加以補(bǔ)修。有些導(dǎo)師也會(huì)根據(jù)研究課題的需求或個(gè)人研究領(lǐng)域的需求要求學(xué)生選修一些相關(guān)課程。如我校的新入學(xué)生物醫(yī)學(xué)工程在職研究生研究生，如果以前沒有學(xué)過醫(yī)學(xué)類課程，我們一般會(huì)要求學(xué)生補(bǔ)修《人體解剖生理學(xué)》、《病理學(xué)》等課程;有些研究生還會(huì)根據(jù)導(dǎo)師的需求補(bǔ)修《生理系統(tǒng)仿真與建模》、《現(xiàn)代數(shù)字信號(hào)處理》、《生物力學(xué)》、《生物化學(xué)》、《醫(yī)學(xué)儀器》等課程。