根據國家財政部、教育部的相關文件精神，所有納入招生計劃的研究生都要繳納學費，經江蘇省物價主管部門核準，2021年東南大學非全日制研究生學費標準如下：
| 項目 | 專業 | 學制 | 標準 | 單位 |
| 非全日制專業學位 | 公共衛生碩士 | 3年 | 15000 | 元/生·年 |
| 護理碩士 | 3年 | 18000 | 元/生·年 |
| 公共管理碩士 | 3年 | 22000 | 元/生·年 |
| 工程管理碩士 | 3年 | 30000 | 元/生·年 |
| 會計碩士 | 2.5年 | 37000 | 元/生·年 |
| 金融碩士 | 3年 | 20000 | 元/生·年 |
| 工商管理碩士MBA | 3年 | 共170000 | 元/生 |
| 高級管理人員工商管理碩士EMBA | 3年 | 共290000 | 元/生 |
