自1293年以來，國王桑喬四世批準在阿爾卡拉設立了一個總研究所，阿爾卡拉大學于1499年成立，是西班牙攝政紅衣主教西斯內羅斯的一個全新的教育項目。它將那個時代最好的傳統模式——巴黎和薩拉曼卡——與其他更具創新性的模式相結合，如博洛尼亞大學和盧浮大學。西斯內羅斯主教希望這所大學能夠成為培養能夠進行教會改革的正規和世俗神職人員以及西班牙王國所需的新的主管政府官員。這所大學與現代歐洲文藝復興和人文主義思想的西班牙先鋒同時誕生。這項事業的成功使阿爾卡拉成為大學貴族的寶座，使西班牙的黃金時代成為可能。

在十六世紀和十七世紀，阿爾卡拉大學成為主要的學術卓越中心：內布里亞、托馬斯·德·維拉努埃娃、吉內斯·德·塞普爾維達、伊格納西奧·德·洛約拉、多明戈·德·索托、安布羅西奧·德莫拉萊斯、阿里亞斯·蒙塔諾、胡安·德·馬里亞納、弗朗西斯科·德·科瓦魯比亞斯山谷、胡安德·拉·克魯斯、洛佩·德·維加和奎韋多等大師在其課堂上任教和學習。它的課程和教師的聲望，以及它的創始憲法，為在美國建立新的大學提供了榜樣。

十八世紀，尤其是其后期，是西班牙大學學習的一個特別關鍵的時期，因為他們在教學方法上進行了意義深遠的改革。然而，正是在這一時期，梅爾喬·德·喬夫拉諾斯來到這里，并授予西班牙第一位獲得哲學博士學位的女性——瑪麗亞·伊西德拉·德·古茲曼和德·拉·塞爾達。

十九世紀中葉，由于教堂土地被征用，該大學遷往馬德里，之后，康多尼奧斯學會保持了重建阿爾卡拉大學的雄心。1977年西班牙向民主過渡期間，由于阿爾卡拉居民的精神、其過去的聲望、歷史記憶的恢復以及教育所獲得的新動力，阿爾卡拉大學得以重新開放教室。自那時以來，管理者的集體努力和決心已導致其知識、文化和建筑遺產的恢復。該大學獨特的模式、其對文學和科學的歷史貢獻以及其建筑的美麗和豐富，使教科文組織于1998年12月2日宣布阿爾卡拉大學為世界遺產。

今天，阿爾卡拉大學是一所中等規模的現代化大學，被認為是歐洲和美國效仿的典范。除了古典人文研究和社會科學外，阿爾卡拉大學還吸收了所有科學領域最現代的學歷，如健康科學和遍布校園的各種工程科學，科技園是其國際形象的決定性因素，也是我們地區商業的促進因素。

該校29000多名學生、1627名教師和研究人員以及762名行政和服務人員參加了38門以上的正式學位課程，以及廣泛的研究生和繼續教育課程。其公認的研究質量、重要研究領域的發展、國際關系、標志性建筑的藝術歷史價值、新的現代化設施以及對當今勞動力市場需求的完全適應，處于公立大學的前列。